多くのガイドブックが吉野山や熊野三山を強調する一方で、現場を訪れた旅行者やアウトドア愛好者から圧倒的な支持を集めているのが、公園内に点在する秘境スポット群です。
日本百名山の一つである大台ヶ原は、年間降水量が極めて多い特異な気候が生んだ「雨と霧の原生林」です。大台ヶ原の登山やハイキングでは、初心者でも歩きやすい東大台コース（約4時間の周回）が人気を集めています。断崖絶壁の「大蛇嵓（だいじゃぐら）」から望む山並みの迫力は息をのむほどです。一方、自然保全が厳格に行われている西大台エリアは完全事前予約制の立ち入り制限が敷かれており、静寂の中で太古の自然と対峙できる特別な体験として高評価を得ています。
さらに、奈良・三重・和歌山が交差する大渓谷で行われる瀞峡（どろきょう）の観光舟巡りは、エメラルドグリーンの川面からそびえ立つ巨岩を見上げる唯一無二のアクティビティです。また本州最南端に位置する串本海中公園の見どころは、ラムサール条約湿地に登録された世界最北限のテーブルサンゴ群集と色鮮やかな熱帯魚たちです。半潜水型展望船や海中展望塔からは、黒潮の恵みを間近に観察できます。
