体内に取り込む以上、副作用や安全性への懸念は無視できません。結論から言えば、水素分子そのものには過剰摂取による重篤な毒性や副作用は確認されていません。体内で余分となった水素は、血液中を巡ったのち呼気（吐く息）やオナラとして自然に体外へ排出されるためです。
注意すべきは、水素以外の「基材・担体成分」です。サンゴカルシウムやマグネシウムを主原料としている製品の場合、極端な過剰摂取を続けるとミネラルバランスが崩れ、お腹が緩くなる（下痢気味になる）ケースがあります。パッケージに記載された規定量を守ることが大前提です。
より高い効果を引き出す飲み方のポイントは以下の3点です。
1. 空腹時または就寝前の摂取：
胃酸との反応をスムーズにするため、また睡眠中の修復活動をサポートするために、空腹時や就寝30分前の水での服用が適しています。
2. 運動の直前・直後：
大量の活性酸素が発生する高負荷トレーニングの前後に摂取することで、酸化ダメージの軽減と筋肉痛の予防に寄与します。
3. 常温の水で速やかに飲む：
粉末を水に溶かして飲むタイプの場合、溶かした直後から水素放出が始まるため、作り置きをせず5分以内に飲み干すのが鉄則です。
