読者の間で「東尾マリア黒幕説」が急速に拡散された背景には、単なる偶然では片付けられない複数のプロット上の符合が存在します。ファンの間で囁かれる主な疑惑の理由は次の3点に集約されます。
第1の理由は、「あの方」の正体判明とエピソードの完全な同時進行です。「マリアちゃんをさがせ！」の作中において、工藤優作と赤井秀一によって「黒の組織のボス＝烏丸蓮耶」という衝撃の真実が導き出されました。物語が始まって以来の最大級の謎が明かされる回に、わざわざタイトルに「マリアちゃん」の名を冠した失踪エピソードを重ね合わせた構成そのものが、読者に強い違和感と疑念を抱かせました。
第2の理由は、名前のネーミングと象徴性です。キリスト教における「聖母マリア」を連想させる名前であり、黒の組織の暗号名（コードネーム）がお酒であることや、組織が追い求める「死者の蘇生」「不老不死」というテーマに宗教的モチーフが絡んでいるのではないかという深読みを生みました。
第3の理由は、APTX4869による幼児化潜伏説です。烏丸蓮耶本人、あるいは組織の最重要幹部が幼児化し、コナンの動向を最も近くで監視するために帝丹小学校1年B組へ潜入しているのではないかという推測が、ミステリーファンの間で熱を帯びて語られることとなりました。
