教科書や公的機関における表記基準を定めているのは、主に国土地理院と文部科学省（学習指導要領）の見解です。国土地理院が発行する日本の公式地図や『小学校社会科地図帳』の県庁所在地一覧では、東京都の項目に明確に「東京」と記載されています。
国土地理院は県庁所在地の定義について、「地方自治法に定める市町村の名称を基本としつつ、東京都においては便宜上、23区（旧東京市の区域）を総称して『東京』とする」という統一見解をとっています。この方針に基づき、文部科学省の検定教科書もすべて「東京」表記で統一されています。
もし新宿区を正解としてしまうと、「23区のうち特定の1区のみを都道府県庁所在地都市として認めるのか」という行政区域上の矛盾が生じます。全国の47都道府県すべてを同一の都市単位（市町村レベル）で整理するため、国土地理院と文科省は「東京」という表記を堅持しています。
