利用する航空会社によって危険度に差はあるのかという疑問も根強く存在します。世界の航空会社の安全性を格付けする独立機関「AirlineRatings.com」が毎年発表する航空会社安全性ランキングにおいて、日本の全日本空輸（ANA）や日本航空（JAL）は、常に世界トップクラスの最高評価（7つ星）を維持しています。
JALとANAの過去事故実績を振り返ると、JALは1985年の御巣鷹山事故（単独機として世界最多の520人が死亡）という痛恨の悲劇を経験しました。しかし同社は、その痛切な教訓から「安全憲章」を策定し、安全啓発センターの設置を通じて社員教育を抜本的に再構築。羽田衝突事故での冷静沈着な全員避難は、40年近くにわたり培われた安全文化の結晶でした。一方のANAも、1971年の雫石事故以降、半世紀以上にわたって乗客の死亡事故ゼロを継続しており、運航の信頼性は世界屈指です。
また、「運賃が安い分、安全管理が疎かになっているのではないか」と懸念されがちなLCC格安航空会社の安全性と事故率ですが、これも構造的な誤認です。LCCは同一機材（エアバスA320やボーイング737など）を大量運航することで部品共通化や燃料効率を高め、機内食や預け荷物の有料化によって低運賃を実現しています。機体は大手キャリアよりもむしろ平均機齢が若く、最新鋭の安全装置を搭載しているケースが目立ちます。さらに、どの航空会社であっても国土交通省や米連邦航空局（FAA）が定める厳格な整備基準と同一の安全検査をクリアしなければ運航許可が下りないため、「LCCだから危険」という言説に根拠はありません。
