首都圏と近畿圏では、地形や植生配置の違いから飛散パターンに明確な特徴が現れます。
スギ花粉のピーク時期(関東エリア)は、奥多摩や丹沢、北関東の山沿いからの偏西風に乗って飛散するため、2月下旬から3月下旬にかけて約1ヶ月間という長期にわたって極めて濃度の高い状態が続きます。特に南風が強く気温が上昇する日は、東京都心部でも大気1立方メートルあたり数千個レベルの花粉が観測されるケースが珍しくありません。
一方、関西エリアの飛散傾向は、六甲山系や丹波高地、紀伊山地からの風向きに左右されます。2月下旬に一気に立ち上がった後、3月上旬から中旬に鋭いピークを形成しやすいのが特徴です。また、瀬戸内側と山陰側で飛散のピークアウトに1週間程度のズレが生じます。
注意すべきはヒノキ花粉への切り替わり時期です。スギのピークが落ち着く3月下旬頃からヒノキの飛散量が急増し、4月上旬から中旬にかけて最大ピークを迎えます。「スギが終わったから大丈夫」と油断して対策を緩めると、ヒノキ花粉による二次的な重症化を招く要因になります。