不祥事が発覚するたび、公益財団法人日本高等学校野球連盟（高野連）からは対外試合禁止などの厳重な処分が下された。2013年に発生した上級生による暴行事件では、半年間の対外試合禁止処分を受け、同年の夏の大会への道が断たれた。これ以降、野球部は急速に求心力を失っていく。
決定打となったのは、指導者の不在だった。教団関係者以外の監督就任を認めない学校側の独自方針により、野球経験のない校長が監督を務めるという異例の事態が発生。技術指導すら満足に行えない環境下で、2015年春には野球部の新規部員募集停止が発表された。2016年7月、南大阪大会での敗戦を最後に高野連を脱退し、栄光を極めた名門は長き休部状態、実質的な廃部へと追い込まれた。
