草津温泉には主に6つの主要源泉が存在しますが、ホテル一井の最大の強みは、特徴の異なる2大源泉（白旗源泉・万代鉱源泉）を大浴場と露天風呂で贅沢に使い分けている点にあります。
内風呂の大浴場に引かれている「万代鉱源泉」は、地下深くから噴出するpH約1.7の超強酸性温泉です。毎分湧出量が極めて豊富で、無色透明ながら肌が引き締まるようなピリッとした刺激と高い殺菌力が特徴です。身体の芯から温まり、疲労回復や筋肉痛に優れた効能を発揮します。
一方、石造りの露天風呂に注がれているのが、草津でもわずか10軒前後の宿にしか引湯されていない貴重な「白旗源泉」です。源頼朝が発見したと伝えられる由緒正しき名湯で、乳白色のにごり湯と立ち込める硫黄の香りが温泉情緒をかき立てます。pH約2.1の酸性泉ながら、肌触りは非常にまろやかで、美肌の湯としても名高い逸品です。
なお、宿泊客以外の日帰り入浴料金は大人1,500円、子供750円前後（利用可能時間：原則14:00〜17:00頃／混雑状況や特定日による変動あり）で設定されています。混雑時は宿泊者優先で入場制限が敷かれるため、確実に2つの源泉を満喫するには宿泊での利用が推奨されます。
