全日本教職員組合（全教）と日本教職員組合（日教組）の最大の違いは、「上部団体（ナショナルセンター）の系統」と「政治的・運動的なスタンス」にあります。もともと日本の教員組合は日教組に一本化されていましたが、1980年代後半の労働戦線再編がきっかけとなり、決定的な分裂を迎えました。
1989年に労働界のナショナルセンターである「日本労働組合総連合会（連合）」が発足した際、日教組の主流派は連合への合流を決定しました。これに対し、「労使協調路線や特定の政党支持の押し付けに反対する」とした反主流派のグループが日教組を脱退。1991年に全国組織として正式結成したのが全日本教職員組合（全教）です。全教は同時に結成された「全国労働組合総連合（全労連）」に加盟し、現在に至ります。
日常の活動方針においても、日教組が立憲民主党や国民民主党などの野党勢力と友誼関係を保ちながら文部科学省との政策対話を重視する傾向にあるのに対し、全教は日本共産党を含む革新勢力と共闘関係を持ち、現場の要求を前面に掲げた直接的な要求運動を展開する傾向が見られます。
