自主回収の引き金となる事象の中で、最も重篤な影響を及ぼす可能性があるのが「アレルギー表示の欠落」と「製造工程での異物混入」です。
特に特定原材料（小麦、卵、乳、落花生、そば、えび、かに、くるみ等）の表示ミスは、アナフィラキシーショックなど生命に関わるアレルギー症状を引き起こす危険性があります。例えば、本来とは異なる原材料ラベルを誤って貼り付けてしまった場合や、調味料の配合変更に伴う表記更新の漏れなどがこれに該当します。
一方、定番のおにぎりやサンドイッチにおける異物混入事案では、製造機械の破片（プラスチック片や金属片）や包装材の一部が混ざり込むケースが報告されています。異物の混入が発覚した場合、同ロットの全商品を即座に店頭から撤去し、専門機関による混入経路の科学的特定とラインの総点検が実施されます。
