金柑を煮詰めた際に生じる強い苦味やエグ味の正体は、外皮に含まれる精油成分（リモネンなど）と果皮内側のアルベド（白い繊維部分）に含まれるポリフェノール類やリモノイド化合物です。これらは適量であれば柑橘特有の心地よいアクセントになりますが、過剰に残ると口の中に刺激的な渋みが残る原因になります。
失敗を防ぐための絶対条件が、丁寧な金柑の下処理と茹でこぼしです。水洗いした金柑のヘタを竹串などで丁寧に取り除いた後、たっぷりの沸騰した湯で2〜3分間下茹でし、一度冷水に取る工程を挟みます。この「茹でこぼし」を1回から2回行うことで、余分な苦味成分やアクが適度に抜け、仕上がりの雑味が劇的に解消されます。
さらに重要なのが、煮詰める最終段階で加えるレモン汁の存在です。レモン汁に含まれるクエン酸は、金柑に含まれる天然のペクチンと糖分を結びつけ、ジャム特有のとろみ（ゲル化）を促進するだけでなく、柑橘のフレッシュな酸味を補って甘ったるさを引き締め、クリアな透明感を引き出す触媒として機能します。
