逮捕後、警視庁による綿密な裏付け捜査を経て、佐々木被告は殺人罪および銃砲刀剣類所持等取締法違反（加重所持）の罪で起訴されました。公判では、被告の責任能力の有無や犯行に至る動機の経緯、そして駅前という公共性の高い場所での発砲行為が量刑にどう影響するかが最大の焦点となりました。
検察側は論告求刑において、「多数の一般市民が利用する駅直結のデッキで実弾を複数回発射した行為は極めて悪質であり、人命を軽視した身勝手極まりない犯行」と厳しく糾弾。一般市民を巻き込む危険性が極めて高かった点を重視し、重い量刑を求めました。
一方、弁護側は被告が過去に被害者から執拗な金銭要求や威圧を受けており、極度の精神的圧迫下にあったこと、犯行後に自ら警察署へ出頭して拳銃を提出した自首の成立などを主張し、情状酌量を求めました。
裁判所が下した判断においては、被害者とのトラブル経緯に一定の同情すべき点や自首の事情を考慮しつつも、白昼堂々と繁華街で拳銃を使用し命を奪った犯行態様の危険性と社会的影響の大きさを重く認定。公共の安全を大きく揺るがした罪責は免れないとして、長期の実刑判決が言い渡されました。この判決は、暴力団排除の機運が続く日本社会において、理由の如何を問わず銃器を用いた暴力に対して司法が下す断固たる姿勢を改めて示す結果となりました。
