ネット上の簡易解説などで最も頻繁に見受けられる致命的な誤解が、「ヒエログリフは漢字のような単なる象形文字・表意文字であり、太陽の絵は太陽そのものを表す」という短絡的な説明です。もしそうであれば、シャンポリオン以前の西洋知識人たちが数世紀にわたって解読に挫折し続けるはずがありませんでした。
実態としてのヒエログリフは、極めて精巧な3層の機能的複合体によって成立しています。
第1に、全体の大部分を占める表音文字（音符）です。たとえば足の絵は「b」、フクロウの絵は「m」、波の絵は「n」という単一の子音を表します。エジプト文字には、現代のアルファベットに極めて近い「1子音文字（24文字）」をはじめ、2つの子音を束ねた「2子音文字」、さらには3つの子音を一度に表す「3子音文字」が存在しました。
第2に、描かれた対象そのものを直接指し示す表語文字（表意文字）です。太陽を描いて「太陽（ラー）」と読ませる場合、記号の直後に小さな縦棒（｜）を添えることで、「これは音ではなく対象そのものを示す」という合図を送る精密な表記ルールが確立されていました。
第3に、古代文字システムの真骨頂とも言える決定符（決定詞）です。母音を表記しないエジプト語では、同じ子音配列を持つ異なる単語（同音異義語）が多数発生します。そこで語末に「歩く脚（移動を意味する）」「座る男（人物や職業を意味する）」「巻かれたパピルス（抽象概念・感情を意味する）」といった無音の記号を付与することで、読み手が文脈を即座に特定できるようにしたのです。現代の日本語に例えるならば、平仮名で書かれた同音異義語の区別を漢字の偏や旁で瞬時に判別するような、極めて合理的な情報伝達システムでした。
