物語の終盤、読者に最大の衝撃と困惑を与えたのが、通称「神のような存在」と呼ばれる高次元の知的生命体の登場でした。彼らは人類にガンツの転送技術や兵器の情報を電波で送信した張本人であり、異星人の侵略に対抗する手段を与えた存在です。
しかし、この神のような存在は人間を救済するために現れたわけではありませんでした。彼らにとって人間の命は「単なる物質やデータ」に過ぎず、死んだ人間をその場で簡単に復元しては見せしめのように次々と消滅させるなど、人間の尊厳を根底から否定する冷酷な真理を突きつけます。この虚無主義的な描写は「GANTZの核心的な真相」であると同時に、読者に深いトラウマと脱力感を与えました。
さらに、作中には未回収の伏線が複数残されています。
代表的なものが、中盤で突如参戦した「吸血鬼（ヴァンパイア）」勢力の存在理由です。彼らがなぜ特殊能力を持ち、ガンツメンバーを敵視していたのか、その生物学的なルーツや黒幕は曖昧なままフェードアウトしました。また、黒い玉の中に閉じ込められていた「生身の人間（玉男）」の正体や製造背景、世界各地に配備されていたガンツチームの詳細な設定など、多くの謎が読者の想像に委ねられる形となりました。
