事態の重性を重く見た行政機関は、迅速な介入を開始した。まず動いたのは現場を管轄する東京都保健医療局である。当該店舗に対する現地調査を実施し、食品衛生法に基づく立ち入り検査を即座に断行。製品の回収命令を発令するとともに、回収グレードにおいて最も危険度が高いとされる「CLASS I（クラス1）」への指定を行った。
続いて厚生労働省も全国の自治体および保健所に対し、小規模事業者が参加する食のイベントに関する指導徹底を周知。食品の流通ルートや製造環境の透明性を確保するため、データベースへの情報登録を促す措置を強めた。
また、消費者庁は一般消費者に向けて、手作り食品を購入・摂取する際の注意喚起を公式に発出。個人の熱意やハンドメイドの温かみに隠れがちな「安全性の担保」について、国を挙げた監督体制の再構築が急ピッチで進められることとなった。
