事件の重大性を受け、防衛大臣と陸上幕僚長は相次いで緊急記者会見を開いた。防衛大臣は冒頭で深々と頭を下げ、「国民の皆様に多大な不安を与え、防衛行政に対する信頼を著しく損ねた」と深く謝罪。即座に全軍での緊急弾薬点検と再発防止策の徹底を指示した。
同時に、自衛隊内部の治安維持や犯罪捜査を担う自衛隊警務隊が本格的な捜査に乗り出した。単なる過失事故としての処理ではなく、窃盗や業務上横領、さらには組織的な隠蔽工作の可能性も視野に入れた特別捜査班が編成された。関係隊員への事情聴取や身元確認、私物の捜索が徹底的に進められており、捜査の刃は現場だけでなく管理責任のある幹部層へも向けられている。