カピバラ肉を含む野生由来のジビエ肉を扱う際、最も重要視しなければならないのが食品衛生管理と加熱殺菌です。野生の齧歯類は、旋毛虫（トリヒナ）をはじめとする寄生虫や、サルモネラ菌・E型肝炎ウイルスなどの病原体を保有しているリスクが存在します。
厚生労働省が定める「野生鳥獣肉の衛生管理に関する指針」に準拠し、調理時は「肉の中心温度が75℃で1分間以上（またはこれと同等以上の殺菌効果がある加熱処理）」を徹底しなければなりません。タタキやレア焼き、刺身などの生食・半生調理は極めて危険であり、絶対に避ける必要があります。
家庭でカピバラ肉を安全かつ美味しく仕上げるための、王道煮込みレシピをご紹介します。
【カピバラ肉の赤ワインとハーブのじっくり煮込み（4人分）】
- 下処理（マリネ）：カピバラ肉（500g）を一口大の角切りにし、赤ワイン（300ml）、すりおろしニンニク（1片）、ローリエ（2枚）、タイム、粗挽き黒胡椒、スライスした玉ねぎとともに密閉袋に入れ、冷蔵庫で一晩（約8〜12時間）漬け込みます。この工程により、特有の青草臭を消し去り、肉質を柔らかくします。
- 焼き色をつける：肉を取り出して水分を拭き取り、塩を軽く振ってオリーブオイルを熱した厚手鍋で表面に強火でしっかり焼き色をつけます。
- 香味野菜と炒め合わせる：セロリ、にんじん、玉ねぎを鍋に加え、しんなりするまで炒めます。
- じっくり弱火で煮込む：漬け汁の赤ワイン、トマトホール缶（1缶）、コンソメスープ（200ml）を加え、アクを取り除きながらフタをして弱火で90分〜120分コトコト煮込みます。
- 仕上げ：中心部まで完全に火が通り、肉がスプーンでほぐれる柔らかさになったら、塩・黒胡椒で味を整えて完成です。
