ばち指を引き起こすばち指原因の約75〜80%は呼吸器疾患に起因し、次いで循環器疾患、消化器疾患が続きます。具体的な疾患群を整理すると、以下の通りです。
第一に警戒すべきはばち指肺がんとの関連です。特に非小細胞肺がん（肺腺がんや大細胞がん）において高頻度に認められます。肺がん患者の約5〜15%にばち指がみられると報告されており、咳や血痰などの自覚症状が出る前に、手元の変形だけが先行して現れる例も珍しくありません。肺尖部に生じる腫瘍が交感神経や局所血流に影響を与え、急速に指先が変形することもあります。
第二に挙げられるのが間質性肺炎ばち指の合併です。肺胞の壁が線維化して硬くなる特発性肺線維症（IPF）では、患者の約50〜70%にばち指が認められるという臨床データが存在します。慢性的な低酸素状態と局所の炎症反応が持続するため、徐々に指先が肥大化していきます。
第三に、先天性心疾患ばち指およびチアノーゼばち指です。ファロー四徴症やアイゼンメンジャー症候群など、静脈血が動脈血に混入する右左短絡を伴う心疾患では、幼少期から慢性の低酸素血症（動脈血酸素飽和度の低下）とチアノーゼが生じ、顕著なばち指を形成します。また、成人後でも感染性心内膜炎（IE）の経過中に微小塞栓や免疫複合体の沈着によってばち指が出現することが知られています。
その他、肝硬変に伴う肝肺症候群や、クローン病・潰瘍性大腸炎といった炎症性腸疾患（IBD）でも末梢循環障害を介してばち指が生じる場合があります。
