私生活において最も世間の耳目を集めたのは、名優・椎名桔平との関係性でした。1995年のドラマ『BLACK OUT』での共演をきっかけに交際をスタートさせ、8年間の交際期間を経て2003年9月に結婚。当時、芸能界きってのお似合いの美男美女カップルとして祝福されました。
しかし、出会いから26年、結婚生活16年が経過した2019年10月に電撃離婚を発表。二人が連名で発表したコメントや報道資料によると、山本未來と椎名桔平の離婚理由は、浮気や金銭トラブルといったスキャンダラスなものではなく、「長年にわたる価値観のズレの積み重ね」であったと明かされています。
当時の代理人弁護士および関係者の証言によると、離婚の条件は「慰謝料なし・財産分与なし」。長男の親権は山本未來が持ちつつも、教育や生活面でのサポートは椎名桔平も共同して行い、現在でも息子の行事や進路相談で連絡を取り合うなど、成熟した関係性が維持されています。
気になる山本未來の再婚に関する噂ですが、2026年現在において特定のパートナーとの再婚や熱愛を示す客観的な事実は一切存在しません。一方、元夫の椎名桔平は女優・原田知世との真剣交際が報じられていますが、山本自身は息子の養育と自身のプロジェクトにリソースを集中させており、恋愛よりも個人の人生の充実を優先している様子が窺えます。
