現在、フィリピンオオコウモリそのものは厳重な国際取引規制（ワシントン条約附属書I）の対象となっており、日本の動物園で生体を見ることは困難です。
しかし、日本国内にも近縁の魅力的なオオコウモリが生息・飼育展示されています。南西諸島や小笠原諸島には「オリイオオコウモリ」や「エラブオオコウモリ」といった固有亜種が生息しており、夕暮れ時の市街地でも果実を求めて飛翔する姿を日常的に観察できます。
また、上野動物園（東京都）や多摩動物公園（東京都）、よこはま動物園ズーラシア（神奈川県）などの施設では、同じフルーツバットの仲間である「エジプトルーセットオオコウモリ」や「インドオオコウモリ」が飼育されており、金網越しに愛らしい顔立ちやつぶらな瞳を間近で観察することが可能です。
