ミスタードーナツを利用するうえで欠かせないのが、会計時に貯まる各種共通ポイントサービスだ。独自のプリペイドカードが廃止された後も、楽天ポイントやdポイントとの連携機能はアプリ上で継続して提供される。バーコード画面を一括提示するだけで、ドーナツの購入ごとにポイントを効率よく獲得可能だ。
また、店頭での支払い手段は主要なキャッシュレス決済へ完全に集約される。Pay系コード決済をはじめ、交通系ICや各種電子マネー、クレジットカード決済が広くカバーされているため、日頃使い慣れた決済手段とポイント付与を組み合わせることで柔軟な会計が行える。