館内に足を踏み入れると、まず迎えてくれるのが天井高のある開放的なガラスドームです。展示エリアは単なる植物の陳列ではなく、地球規模の気候区分に沿って配置されており、歩き進めるごとに気温や湿度が劇的に変化する体験型の構造設計が採用されています。
館内の核となるのは「熱帯雨林室」「熱帯花木室」「乾燥地植物室」「高山植物室」、そして極地に近い環境を再現した「極地・高山植物室」の各ゾーンです。それぞれの気候帯が忠実に再現されており、一歩足を踏み入れるごとに異なる生態系を五感で体感できます。
数ある咲くやこの花館の見どころの中でも、最大の目玉として知られるのが高山植物室で栽培されている咲くやこの花館のヒマラヤの青いケシ（学名：メコノプシス）です。標高3,000〜5,000メートルの過酷な山岳地帯に自生し、自生地以外での開花・維持が極めて困難とされる「幻の花」を、館内の特殊な冷房・照明制御システムによって日本で初めて通年開花させることに成功しました。透き通るようなスカイブルーの花弁が放つ神秘的な佇まいは、訪れる来館者を魅了し続けています。
さらに、熱帯雨林室では巨大な葉を水面に広げるオオオニバスや世界最大級の花として知られるラフレシア（模型展示・開花時標本）、乾燥地植物室ではバオバブの木や個性的なサボテン・多肉植物の群生など、図鑑でしか見られないような珍奇植物が目の前で生き生きと成育しています。
