高校野球ファンなら誰もが抱く疑問が、「これほどの怪童がなぜ甲子園に出場できなかったのか」という点です。事実、山本由伸 甲子園成績は「出場歴なし（0試合）」という記録に残っています。
山本由伸 甲子園不出場 理由の最大の要因は、高校3年夏の宮崎県大会直前に見舞われたコンディション不良と、ライバル校との激闘にありました。
3年春の九州大会で準優勝を果たし、名実ともに九州ナンバーワン右腕として臨んだ最後の夏、山本は右肘や脇腹周辺に強い張りと違和感を抱えていました。満身創痍の状態で登板した宮崎大会の3回戦（宮崎商業戦）、本来の圧倒的なボールの伸びを欠き、チームは接戦の末に惜敗。聖地への切符を掴むことなく、彼の高校野球生活は幕を閉じました。
当時の都城高校 監督 評価や指導陣の手記によれば、「将来のある大切な腕を壊すわけにはいかない」という指導者側の配慮と、本人の将来を見据えた球数管理の意識も働いていたと証言されています。無理に投げさせ続けて選手生命を奪う昭和的な指導を避け、適切な休養を与えた判断が、後のプロでの息の長い大活躍に繋がったと言えます。
