一般的な神社に足を運ぶと、まず拝殿があり、その奥に御神体を納めた本殿が鎮座しています。しかし、飛瀧神社には本殿と呼ばれる建物が存在しません。鳥居をくぐり杉木立の石段を下りた先にあるのは、シンプルな拝所と注連縄（しめなわ）が張られた巨大な那智の滝そのものです。
この特異な形式は、古代日本に息づいていた「自然崇拝（アニミズム）」の姿を今に色濃く残している証拠です。神話の時代、神武天皇が東征の折に光り輝く滝を見出して神として祀ったことが神社の起源と伝えられています。
中世に入ると、熊野信仰の高まりとともに神道と仏教が融合した「神仏習合」の修験道場として発展しました。滝は「飛瀧権現」であり、千手観音の化身として崇敬を集め、貴族から庶民に至るまで「蟻の熊野詣」と称されるほど多くの巡礼者が熊野古道を歩いてこの地を目指しました。現在も熊野那智大社の別宮として、滝を直接拝む原初の祈りの場を守り続けています。
