公明党と創価学会の関係が与える政治的影響は、選挙時の集票だけに留まらない。政策形成の面においても、両者のパイプは無視できない重みを持っている。
創価学会には、平和主義、福祉の充実、環境保護などを重視する独自の理念がある。公明党が連立政権内で「福祉の党」「平和の党」をアピールし、軽減税率の導入や児童手当の拡充、安全保障関連法案における一定の歯止め役を果たしてきた背景には、支持母体である創価学会の意向や会員の声が色濃く反映されている。
だが、知られざる真実として、公明党と創価学会の意向が常に100%一致しているわけではない。安全保障政策の強化や防衛予算の増額などを巡り、現実路線をとらざるを得ない政党(公明党)と、平和主義の理念を強く求める支持母体(創価学会)との間で、激しい議論や葛藤が交わされることも少なくない。党幹部は創価学会の幹部や幹事会と定期的な「協議」を行っているとされるが、それが「不当な政策指示」に当たるのか、単なる「支持団体の意見聴取」に留まるのかが、政教分離議論の核心であり続けている。