公立施設ならではの良心的な料金設定も、ゴビウスが選ばれ続ける大きな要因です。通常の入館料金は大人500円、小中高生200円、幼児（未就学児）無料となっており、ワンコインで本格的なアクアリウム体験が楽しめます。
さらに出費を抑えたい場合は、各種優待割引の活用が賢い選択です。20名以上の団体割引（大人400円、小中高生160円）はもちろんのこと、JAF会員証や各種提携カードの提示、島根県内のミュージアムパスポートなどによって割引が適用されるケースがあります。また、障がい者手帳をお持ちの方と介助者1名は入館無料となる減免制度も整っています。
年に3回以上訪れる予定があるなら、年間パスポート（大人1,500円、小中高生600円）の購入が圧倒的にお得です。発行日から1年間何度でも入館可能になるだけでなく、同伴者の割引や館内ショップでの優待など、リピーターにとって見逃せない特典が付帯しています。
