ジパング倶楽部を利用して東海道・山陽新幹線や九州新幹線を移動する際、最も注意すべきなのが列車の「乗車制限」と「割引対象外となる期間」だ。特に利用頻度の高い山陽新幹線の「のぞみ」「みずほ」を利用する際、特急料金部分にはジパング割引が適用されない例外ルールが存在する（運賃部分のみ割引適用）。
そのため、山陽新幹線をお得に利用する場合は「ひかり」や「さくら」を優先的に選択するのが鉄則だ。所要時間の差はわずかでありながら、特急料金も含めて丸ごと30%割引が効くため、トータルの旅費に大きな差が生まれる。また、ゴールデンウィーク、お盆、年末年始の年間3大繁忙期には、ジパング倶楽部の割引自体が利用できない期間が設定されている。出発日を繁忙期の前後に1日ずらす工夫をするだけで、無駄な出費を劇的に防ぐことができる。
