現在の執行部は、司忍組長を精神的支柱としつつ、実質的な組織運営と戦略決定を髙山清司若頭が一手に担う双頭体制が定着しています。六代目山口組の組織図における最大の強みは、中枢を固める名古屋系と全国各地の有力組織による強固なピラミッド構造にあります。
六代目山口組の幹部一覧を見ると、若頭補佐や舎弟頭などの重要ポストには、中部・関西・関東・九州に地盤を持つ精鋭組織のトップが配置されています。なかでも組織の最大派閥である弘道会の影響力は極めて強く、人事権や財政管理における決定権を実質的に掌握しています。
全国に散らばる山口組の直参組長（直系組長）の数は、警察の徹底した取り締まりや引退・絶縁処分に伴い全盛期より絞り込まれたものの、各ブロックごとの統括責任者を配置することで、地方組織の動揺を防ぎ、中央の意思決定を末端まで迅速に行き届かせる体制を完成させています。
