のとじま水族館へのアクセス手段として最も重要な道路インフラは、現在完全に機能を回復しています。本土側から能登島へ渡るルートには「能登島大橋」（七尾市街・和倉温泉方面から）と「ツインブリッジのと（中能登農道橋）」（穴水・輪島方面から）の2基の橋が存在します。震災直後は段差やひび割れで一時通行止めとなりましたが、迅速な復旧工事によって現在は乗用車・観光バスともに安全に通行可能です。
公共交通機関を利用する場合は、JR七尾駅または和倉温泉駅から運行されている能登島交通バスを利用してアクセスできます。運行ダイヤは季節や復旧状況に合わせて最適化されているため、事前に最新の時刻表を確認しておくとスムーズです。
館内の混雑状況としては、ゴールデンウィークやお盆休み、3連休の中日（11:00〜14:00）にピークを迎える傾向があります。混雑を避けてゆっくりと水槽を観察したい場合は、朝一番（9:00〜10:30）または午後遅め（14:30以降）の入館が推奨されます。特にイルカショーは開始15分前には座席が埋まり始めるため、余裕をもった移動が大切です。
