『名探偵コナン』を語る上で欠かせないのが、重層的な偽装アイデンティティと過去の因縁です。とりわけ読者の感情を強く揺さぶる3人の主要人物には、過酷なバックグラウンドが存在します。
赤井秀一は、組織に潜入していたコードネーム「ライ」時代、灰原の姉である宮野明美と交際していました。潜入発覚に伴い明美がジンに抹殺されたことは、赤井にとって拭いきれない十字架となっています。「来葉峠」での偽装殉職工作以降は、東都大学大学院工学系研究科の大学院生・沖矢昴として工藤邸に居候し、隣の阿笠邸に暮らす灰原哀を密かに警護し続けています。
一方、安室透（本名：降谷零）は、喫茶ポアロの店員、私立探偵、組織の幹部「バーボン」、そして公安警察の指揮官という複数の顔を完璧に使い分けています。幼少期に自分を受け入れてくれた恩人・宮野エレーナへの憧憬を胸に抱きつつ、親友であり同僚の諸伏景光（スコッチ）を組織内で自決に追い込まれた誤解から、赤井秀一に対して激しい私怨を抱き続けてきました。この二人の確執は、工藤邸での「お茶会」を経て一定の対話がなされたものの、依然としてスリリングな緊張関係を維持しています。
そして灰原哀（本名：宮野志保）は、両親と姉を組織に奪われ、自らも毒薬を飲んで逃走した悲劇のヒロインです。初期に見せていた自暴自棄な諦観は、少年探偵団やコナンとの交流を通じて徐々に氷解し、今や「自らの運命から逃げずに立ち向かう」自立した少女へと精神的な脱皮を果たしています。
