吉川駅の交通利便性を語る上で軸となるのがJR武蔵野線です。武蔵野線は東京の外環状を連絡する大動脈であり、西船橋・南船橋方面から府中本町方面までを繋ぎます。朝夕のピーク時には東京駅への直通列車（京葉線直通）も運行されており、都心主要エリアへ乗り換えなし、または1回の乗り換えでスムーズにアクセス可能です。
通勤時間帯の吉川駅の時刻表を確認すると、平日朝7時〜8時台は上り・下りともに4〜5分間隔で列車が発着しています。朝の混雑状況としては、南浦和や西船橋方面へ向かう通勤客で混み合うものの、東京メトロ東西線のような極端な圧迫混雑には至らず、新聞やスマートフォンを操作できる程度の乗車率（約130%〜150%）に収まります。
ネット上では「武蔵野線は風雨で遅延しやすい」という声が散見されますが、これは過去の印象が強く残っている側面があります。JR東日本による防風柵の設置工事や運行管理システムの高度化が進んだ結果、現在の遅延発生率は大幅に改善されています。万が一の運転見合わせ時にも、後述する路線バス網を活用して東武スカイツリーライン（越谷駅・新越谷駅）やつくばエクスプレス（三郷中央駅）へ迂回できるルートが確保されています。
吉川駅の構内図・改札口はシンプルな高架駅構造になっており、改札口は1箇所のみです。改札を出て左手が北口、右手が南口と動線が極めてわかりやすく、エレベーター・エスカレーターも完備されているため、ベビーカー利用のファミリーや高齢者でもストレスなく移動できるバリアフリー設計となっています。
