最も大きな違いは、雇用契約の「期限」にある。通常の教授が定年までの身分を保証されているのに対し、特任教授は1年〜5年程度の有期契約が基本だ。大学側の都合やプロジェクトの予算次第で、契約が更新されるかどうかが決まる。
さらに、業務内容も異なる。一般の教授が研究・教育・大学運営（教授会など）のすべてを担うのに対し、特任教授には特定の「ミッション」が課されることが多い。例えば、特定の共同研究プロジェクトの遂行や、民間資金の獲得、あるいは英語での特別講義などだ。良く言えば「ピンポイントの専門家」、悪く言えば「プロジェクト限定の契約社員」という側面を持つ。
