本作の根幹をなす「死後の世界」の設定には、本編で語り尽くされなかった緻密な裏設定と未公開伏線が隠されている。シナリオを手掛けた麻枝准（Key）と、企画・制作を主導したアニプレックスが構築したこの世界は、単なる霊界や天国ではない。青春期に心残りや不幸な最期を迎えた若者たちが、生前の無念を消化し、次の生へ踏み出すための「暫定的な通過点」として設計されている。
長年ファンの間で考察の的となってきたのが、物語終盤に登場する「NPC化現象」と「プログラム」の存在だ。なぜあの学園には意思を持たない生徒たちが存在するのか。そして、Angel Playerというソフトを用いて世界の理を書き換えた「最初のプログラマー」とは誰だったのか。制作側の初期構想や関連メディアで散りばめられた証言によれば、あの世界は「誰かが愛する者を待ち続けるために生み出されたバグ」を含んでいたと分析される。音無が死後の世界に到着した時期と、心臓のドナーとなった奏（かなで）が過ごしていた時間のズレについても、時間軸が歪む空間特性による必然の巡り合わせであったことが、数々の裏設定から解き明かされている。
