本社拝殿の奥に広がる「神苑（しんえん）」（有料拝観エリア：大人300円）は、二荒山神社のスピリチュアルな中枢です。境内無料エリアの参拝だけで通り過ぎてしまう観光客も少なくありませんが、この神苑こそが真のパワースポットの宝庫となっています。
神苑内で外せない第一のスポットが「二荒霊泉（ふたられいせん）」です。男体山の洞窟から湧き出る「薬師の霊水」と、女峰山から引かれた「酒の泉」が合流した名水で、古くから「知恵がつき、若返り、眼病に効く」と伝えられてきました。現地のお茶屋ではこの霊水で淹れたお抹茶や珈琲を味わうことができ、専用の水筒（初穂料別）を受けて持ち帰ることも可能です。
さらに境内には、以下のような象徴的なパワースポットが点在しています。
- 縁結びの笹：神苑奥に自生する笹。「良縁の願い」を短冊に託して結びつける参拝者が列をなします。
- 夫婦杉（めおとすぎ）・親子杉：1つの根元から2本の幹が仲睦まじく寄り添う夫婦杉と、3本の幹が並ぶ親子杉。家庭の調和を祈願する象徴です。
- 運試し輪投げ：大国殿前にある体験型スポット。3本の輪を投げ、入った数によって運気を占います。「楽しみながら願掛けができる」とSNSでも高い人気を誇ります。
- 日光連山遥拝所：日光の霊峰（男体山・女峰山・太郎山など）を遠隔から拝礼できる神聖な祭壇。
また、毎年9月中旬から11月下旬にかけて開催される「良い縁まつり」の期間中には、巨大な「良い縁笹の輪」が境内に設置されます。これをくぐることで罪穢れを祓い、より強固な良縁を授かることができるため、秋の紅葉シーズンに訪れる際は絶対に見逃せません。
