前作『Pokémon LEGENDS アルセウス』では、モクロー、ヒノアラシ、ミジュマルという異世代の御三家が選ばれ、それぞれヒスイの姿へと進化を遂げました。この前例から、本作における最初のパートナーポケモン（御三家）が誰になるのかについて、コミュニティ内で白熱した議論が続いています。
カロス御三家がそのまま選ばれる説はもちろん、フランス・パリを想起させるミアレシティの芸術的・都市的雰囲気に合わせた他地方の御三家（例えばポッチャマやツタージャ、サルノリなど）が選抜され、新たなフォルムやメガシンカを獲得するシナリオも十分に考えられます。
伝説のポケモンに関しては、カロス地方の根幹をなすゼルネアス、イベルタル、そして秩序を司るジガルデの関与は確実視されています。特にジガルデは、かつて『X・Y』で語りきれなかった「完全体（パーフェクトフォルム）」や生態の深層が、本作のメインストーリーで紐解かれる公算が高いです。
