入学や学区選びにおいて最も多くの保護者が混乱するのが、中学校への進学ルートです。校名が「長田南小学校」であるため、中学校も当然「静岡市立長田南中学校」へ進学すると考えているケースが後を絶ちません。しかし、静岡市の公立小中学校通学区域において、本校の指定進学校は静岡市立城山中学校となります。
静岡市内の学区編成において、長田南中学校の学区は主に川原小学校など別のエリアを対象としており、長田南小学校の通学区域（広野、青木の一部、用宗周辺など）は城山中学校の校区に指定されています。この事実を知らずに住宅を購入・賃貸契約してしまうと、「思っていた進学ルートと違った」というミスマッチが生じかねません。
なお、城山中学校へは長田南小学校のほか、長田西小学校や長田北小学校の一部学区からも生徒が進学してきます。小学校時代は中規模な環境で基礎学力を培い、中学校に上がると同時に交友関係を大きく広げられるステップアップ構造は、思春期の社会性を育む上でバランスの良い進路設計といえます。一部には静岡大学教育学部附属静岡中学校や県立清水東高校附属中学校、私立静岡学園中学校などを受験する児童も一定数存在します。
