法的な位置づけとして、念佛宗三寶山無量壽寺は文部科学大臣所轄の単立宗教法人です。既存の伝統仏教各派（南都六宗、平安二宗、鎌倉新仏教など）のいずれにも属さない独立した組織形態をとっています。
教団の大きな特徴として挙げられるのが、世界各国の仏教徒との国際連帯を重視している点です。同寺院は、世界各地で分断されがちだった上座部仏教（南伝仏教）、大乗仏教（北伝仏教）、チベット仏教（金剛乗）の指導者が一堂に会する「全世界仏教サミット」を主導してきました。
敷地内には、スリランカから贈られた「仏舎利（釈迦の遺骨）」や、各国の仏教最高指導者から寄贈された仏像・記念碑が数多く安置されています。日本国内の新宗教という枠組みを超え、国際的な仏教文化の交流拠点としてのインフラを整えている点が、他の宗教施設には見られない独自性といえます。
