美ら海水族館へのドライブで最大の難所となるのが、高速道路の終点である許田IC周辺の交通渋滞です。特にGW、夏休み、連休の午前中（9:30〜12:00頃）は、許田IC出口から国道58号線への合流地点で数キロに及ぶボトルネック渋滞が発生しやすくなります。
渋滞を賢く回避するための裏ワザは主に2点あります。1つ目は「朝一番（9時前）または午後遅め（15時以降）の移動シフト」です。特に美ら海水族館は16時以降になると団体客が引き上げ始め、館内もゆったり鑑賞できます。2つ目は、許田ICの手前にある「宜野座IC」で降り、東海岸（国道329号・県道71号など）を経由して本部町へ抜ける迂回ルートです。ピーク時の大渋滞時には大幅なタイムロスを防ぐ有効な選択肢となります。
海洋博公園に到着した後の駐車場選びも重要です。公園内にはP1からP9まで広大な無料駐車場（計約2,000台収容）がありますが、水族館に最も近くて便利なのは「P7（北ゲート立体駐車場）」です。立体構造のため強い日差しや急なスコールでも車内温度が上がりにくく、エレベーターで水族館のエントランス階へ直結しています。P7が満車の場合は隣接するP6を利用するのが効率的です。
