どて焼きの成否を握る8割は、煮込み前の牛すじの下処理で決まります。牛すじ肉には「アキレス腱（スジ）」「メンブレン（ハラミの膜）」「赤身すじ」などの部位があり、いずれも強靭なコラーゲン（結締組織）で覆われています。加熱不足ではゴムのように硬く、逆に下処理を怠れば脂っこさと獣臭さが前面に出てしまいます。
コラーゲンをゼラチン化させて箸でスッと切れる状態にするためには、75℃〜85℃前後の温度帯を保ちながら最低でも90分以上煮込む必要があります。プロの仕込み現場で行われている具体的な下処理手順は以下の通りです。
【ステップ1：水からの茹でこぼし（1回目）】
鍋に牛すじ肉（500g）と全体がしっかり被るたっぷりの水を入れ、強火にかけます。沸騰したら中火に落とし、大量に浮き出てくる灰褐色のアクと余分な脂を出し切るため、5分〜8分間しっかりと沸騰させます。その後、ザルにあけて茹で汁をすべて捨てます。
【ステップ2：冷水洗浄と脂のトリミング】
流水を当てながら、牛すじの表面にこびりついたアクや血の塊を手で丁寧に洗い流します。この段階で、黄色く酸化した余分な脂身の塊があれば包丁で軽く削ぎ落とします。このひと手間で仕上がりの脂っぽさとカロリーが大幅に軽減されます。
【ステップ3：香味野菜と2回目の茹でこぼし・本茹で】
鍋をきれいに洗い、洗浄した牛すじ、かぶるくらいの水、長ネギの青い部分1本分、薄切り生姜1片分、酒大さじ2を投入します。沸騰後はごく弱火に落とし、落とし蓋をしてアクをすくいながら約90分〜120分間じっくりと煮込みます。竹串が抵抗なくスッと通る硬さになったら火を止め、一口大（煮縮みを考慮して2〜3cm角）に切り分けます。茹で汁の上澄み脂を取り除いたスープは、極上の牛だしとして煮込み工程に再利用します。
