神奈川県内の公立トップ校群において、独自の存在感を放つ横浜サイエンスフロンティア高校の偏差値は68〜70前後（大手模試データ基準）で安定して推移しています。これは横浜翠嵐高校や湘南高校に次ぐ難関グループに位置し、川和高校や柏陽高校と並ぶトップクラスの学力水準です。
神奈川県の高校入試制度において合否を分ける選考基準は「調査書（内申点）」「学力検査（当日の学科試験）」「特色検査」「面接（2026年度以降は原則廃止・特色検査等へ一本化）」で構成されます。サイエンスフロンティア高校の合格者平均内申点は135点満点中124〜128点付近がボリュームゾーンとなっており、中学校の通知表において「5」が並び、最低でも「4」を死守する基礎学力が前提条件となります。
もっとも、内申点だけで逃げ切ることは不可能です。学力検査（共通問題5教科）で各教科80点台後半から90点以上を揃える基礎力はもちろんのこと、同校の合否を決定づける最大の関門が「特色検査」です。理数的な論理的思考力、長文の実験データ読み取り、グラフの数理的分析を求める高度な記述問題が出題され、ここで差がつく設計になっています。
ボーダーライン付近では、内申点120前後の受検生が学力検査440点超および特色検査の高得点によって逆転合格を果たすケースも珍しくありません。教科書の枠を超えた問題解決能力と、初見の科学的データを瞬時に読み解く読解力が不可欠です。
