多くの家庭が本校を選択する最大の動機が、神戸学院大学（10学部を擁する総合大学）への内部進学ルートです。しかし、一部のネット掲示板で囁かれる「入学しさえすれば誰でも大学へ上がれる」という言説は、現場の運用実態とは大きく乖離しています。
学校関係者への取材および進路資料によると、神戸学院大学への内部進学基準には、高校3年間の定期考査による評定平均値（原則として全体の3.0〜3.5以上が目安）に加え、学年ごとに課される基礎学力確認テストの成績、さらには日常の出欠状況や生活指導歴が厳密に組み込まれています。特に国家資格取得に直結する人気学部——とりわけ薬学部や総合リハビリテーション学部（理学療法学専攻など）——への学内推薦枠は枠数に上限が設定されており、学内での上位選抜競争を勝ち抜かなければ希望枠を勝ち取ることはできません。
卒業生全体の出口動向を精査すると、学年の約35〜45％が系列の神戸学院大学へ進学し、残りの半数以上は他大学へ進路を取っています。ここに特進文理コースと総合進学コースの「二極化」の構造が存在します。
特進文理コースは、最初から国公立大学（神戸大学、兵庫県立大学など）や関関同立（関西学院大・関西大・同志社大・立命館大）、産近甲龍の一般選抜突破を照準に据えたカリキュラムを編成しています。放課後の進学講習やスタディサプリ等を活用した手厚い自習支援が組まれており、大学附属の看板を掲げながらも、実質的には進学校としてのハードな学習サイクルを課されるのが特進の実態です。
