松山南高校を語るうえで外せないのが、文部科学省から指定を受け続けているスーパーサイエンスハイスクール（SSH）としての実績です。同校は単なる受験特化型の進学校にとどまらず、長年にわたり先進的な探究型理数教育を実践してきました。
特に理数科では、高校1年次から本格的な課題研究に取り組み、科学的思考力やデータ分析力、プレゼンテーション能力を徹底的に鍛え上げます。国内外の科学コンテストや学会発表での受賞歴も豊富で、大学の研究室と連携した実験・フィールドワークなど、一般的な普通科高校では体験できない専門的な研究活動が日常に組み込まれています。この経験は、総合型選抜や学校推薦型選抜（旧AO・推薦入試）において強力な武器となり、難関国公立大学への推薦合格実績にも直結しています。
大学進学実績の詳細まとめを見ると、同校の「手厚い指導力」と「現役志向の高さ」が数値となって浮き彫りになります。卒業生約360名規模に対し、国公立大学合格者数は毎年180〜220名規模を維持しています。
地元である愛媛大学には毎年60〜80名以上が合格し、中核を形成。さらに、広島大学、岡山大学といった中国・四国地方の難関国公立大学に加え、大阪大学、九州大学、名古屋大学、京都大学をはじめとする旧帝国大学や、神戸大学、筑波大学などの難関国立大学にも毎年2桁以上の合格者をコンスタントに送り出しています。
特筆すべきは、同じ松山地区の雄である松山東高校と比較した際の浪人率の低さです。松山東高校が「志望校妥協を嫌い、浪人を辞さず東大・京大・旧帝大・医学部を目指す」という骨太な気風を持つのに対し、松山南高校は学校側の手厚い個別進路指導と講習体制により、「現役で確実に第一志望あるいは上位国公立大学へ進学させる」という意識が教員・生徒双方に浸透しています。安全策を取りすぎるわけではなく、生徒の適性と学力を客観的に分析したうえで、最も伸びる進路を提示する指導姿勢が進学実績を支えています。
