防衛医科大学校には、医師を養成する「医学科」と、2014年度に新設された保健師・看護師を養成する「看護学科」が存在します。さらに看護学科は、卒業後に自衛官（幹部自衛官）となる「自衛官コース」と、防衛医科大学校病院などで公務員看護師として勤務する「技官コース」に分かれており、それぞれ選考倍率や求められる適性が大きく異なります。
また、防衛大学校（神奈川県横須賀市）と防衛医科大学校（埼玉県所沢市）の根本的な違いについても整理しておく必要があります。防衛大学校が陸・海・空自衛隊の将来を担う指揮官・幹部自衛官を育成する総合教育機関であるのに対し、防衛医科大学校は医師・看護師である幹部自衛官および技官を養成する「医療特化型」の組織です。同じ防衛省直轄の文教研修施設でありながら、カリキュラムや取得資格、日々の訓練内容には明確な一線を画しています。
防衛医科大学校看護学科の難易度は、国公立大学看護学部の中堅から上位クラスに匹敵します。学費がかからず手当が支給されるため、私立大学看護学部の学費高騰を敬遠する堅実な家庭からの支持が年々厚くなっています。ただし技官コースと自衛官コースでは、後述する防衛訓練の有無や生活様式に決定的な違いがあるため、安易な併願には細心の注意が必要です。
