生にんにくで皮膚のかゆみ、蕁麻疹（じんましん）、腹痛、呼吸困難などのアレルギー反応が出た経験がある人は、黒にんにくであっても同様のアレルギー症状を発症する可能性が高い。加熱・発酵を経てもアレルゲン（タンパク質構造）が完全に失活するわけではないからだ。
また、発酵食品全般に共通する点として、熟成過程でヒスタミンなどの活性アミン類が生成される。ヒスタミン分解酵素の働きが弱い体質の人が食べると、頭痛、顔面のほてり、鼻水、動悸といった「ヒスタミン中毒」に似た症状を起こすケースもあるため、アレルギー体質の人は細心の注意を払うべきである。
