ミュージアムパーク茨城県自然博物館には、約1,000台を収容する無料駐車場が完備されています。しかし、週末のピーク時（11:00〜13:00）には第1駐車場が満車となり、少し離れた第2・第3駐車場へ誘導されるケースがあります。
車でアクセスする場合、常磐自動車道「谷和原IC」から約20分、または圏央道「坂東IC」から約25分が標準ルートです。渋滞を回避するためには、午前の開館直後（9:30）に到着する枠で事前予約を取るのが最もスムーズです。
公共交通機関を利用する場合は、東武アーバンパークライン「愛宕駅」やつくばエクスプレス「守谷駅」から路線バスやタクシーを利用することになりますが、バスの運行本数が1時間に1本程度と限られている時間帯もあるため、発車時刻の事前確認が欠かせません。
