我孫子中学校を語る上で欠かせない最大の特色の一つが、県内屈指、ひいては全国レベルの実績を誇る部活動の存在感です。特に駅伝・陸上部と吹奏楽部は、同校の看板として長年地域に勇気と誇りを与え続けています。
千葉県東葛地区は全国的にも名高い「駅伝王国」として知られますが、その中心地の一つが我孫子市です。我孫子中学校駅伝部は、千葉県中学校駅伝大会において常に優勝候補の一角に名を連ね、全国中学校駅伝大会(全中)や関東大会への出場歴を幾度も重ねてきました。起伏に富んだ手賀沼周辺の地形を生かした質の高い練習環境と、代々引き継がれてきた効率的な指導ノウハウが、選手たちの高い競技力を支えています。短距離・フィールド競技を含めた陸上部全体としても、個人種目で県大会上位や全国大会標準記録を突破するアスリートをコンスタントに輩出しています。
一方、文化部を牽引する吹奏楽部もまた輝かしい歴史を誇ります。千葉県吹奏楽コンクールでの金賞受賞はもちろんのこと、上位大会である東関東吹奏楽コンクールや日本管楽合奏コンテストなどでハイレベルな演奏を披露し、高い評価を獲得してきました。パート練習から合奏に至るまで生徒同士が妥協なく音を磨き上げるストイックな姿勢は、単なる部活動の枠を超え、人間的な成長を促す場としても保護者から厚い信頼を寄せられています。
もちろん、運動系ではバスケットボール、バレーボール、卓球、テニス、文化系では美術部なども精力的に活動しており、生徒一人ひとりが自分の打ち込める居場所を見つけられる環境が整えられています。