物語は、幼少期に生き別れた兄サムの行方を追うバーテンダーのネイトが、トレジャーハンターのサリーにスカウトされるところから動き出します。
物語の核心：50億ドルの金塊と裏切りの連鎖
ネイトとサリーは、500年前にポルトガルの探検家フェルディナンド・マゼランが遺したとされる50億ドル相当の黄金を探すため、オークション会場から「十字架の鍵」を盗み出します。 スペインの名家出身である冷酷な富豪サンティアゴ・モンカーダ（アントニオ・バンデラス）とその雇われ傭兵ジョー・ブラドック（タティ・ガブリエル）、そして謎多き女性トレジャーハンターのクロエ・フレイザー（ソフィア・アリ）が入り乱れ、誰が誰を裏切るかわからない騙し合いがバルセロナやフィリピンの孤島で展開します。 クライマックスでは、洞窟深くに隠されていた2隻の巨大な木造海賊船をヘリコプターで空輸するという荒唐無稽な空中戦が勃発。ネイトはブラドックを撃破し、サリーは黄金よりもネイトの命を救う選択をします。この瞬間、ただの利害関係だった二人の間に真の信頼（バディの絆）が芽生えます。
ポストクレジットシーンが示す2つの重大な伏線
エンドロール中およびポストクレジットには、今後の展開を決定づける2つの決定的シーンが挿入されました。 1. 兄サムの生存判明： 暗い牢獄のような部屋で、誰かに向けて手紙を書いている男が登場。行方不明とされていたネイトの兄サムが生きており、弟にメッセージを送り続けていることが明示されました。 2. 原作ファン歓喜の「口髭サリー」とナチスの地図： バーで怪しげな男ゲイブ・ローマンの手下と交渉するネイトのもとへ、トレードマークである「立派な口髭」を蓄えたサリーが駆けつけます。二人は「ナチスの地図」を手に入れようと逃走を図り、ゲーム第1作『アンチャーテッド エル・ドラドの秘宝』へと直結する冒険の幕開けが描かれました。
