天皇杯を観戦・分析する上で、多くのファンが混同しやすいルール上の盲点が存在します。
代表的な誤解が「Bリーグの外国籍選手オンザコートルールと天皇杯ルールの違い」です。天皇杯は日本バスケットボール協会の特別規程に基づき運用されるため、登録枠や帰化選手・アジア特別枠の取り扱いに関して、レギュラーシーズンとは異なる細かな運用基準が適用されるケースがあります。特にファウルトラブルやベンチ入り人数のマネジメントにおいて、ヘッドコーチの采配ミスが命取りになる場面も少なくありません。
また、「下位カテゴリーのチームには勝ち目がない」という先入観も禁物です。プロチーム側が「勝って当然」という心理的重圧を背負うのに対し、挑戦者である学生チームは序盤から失うもののない捨て身のハイペースゲームを仕掛けてきます。立ち上がりの第1クォーターで相手のリズムに呑まれた強豪が、最後まで自分たちのバスケを取り戻せずに敗退した過去の事例は枚挙にいとまがありません。