栄養学の観点から見ると、粒納豆とひきわり納豆では体内での消化・吸収プロセスに決定的な差が生じる。ひきわり納豆は大豆を細かく砕いてから発酵させるため、外皮が取り除かれており、消化酵素が内部のタンパク質や脂質に直接アプローチしやすい構造になっている。
一方、粒納豆は皮に包まれているため、しっかり咀嚼しない限り栄養素が閉じ込められたままになりがちだ。特に心血管系の健康維持に貢献する酵素であるナットウキナーゼや必須アミノ酸の吸収効率において、ひきわり納豆の方が消化管への負担が少なく、素早い代謝吸収が期待できる。胃腸が弱っている時や高齢者の栄養補給においては、ひきわり納豆を選択する方が合理的と言える。
