熊本市動植物園の基本営業時間は9:00〜17:00（最終入園は16:30まで）で、毎週月曜日（祝日の場合は翌平日）が休園日となっています。訪問計画を立てる際、最も留意すべきはアクセス手段の選択です。
自家用車で来園する場合、広大な駐車場（収容台数1,000台超）が用意されており、平日は完全無料、土日祝でも1回200円という破格の料金で利用可能です。ただし、気候の良い行楽シーズンの日曜日は午前11時前後に駐車場入口で右折入庫待ちの渋滞が発生しやすいため、午前10時前の到着が鉄則となります。
渋滞や駐車待ちのストレスを完全に回避したい場合は、熊本市電（路面電車）の利用が最適解です。健軍町方面行きの市電に乗り、「動植物園入口」電停で下車。そこから江津湖へと続く整備された並木道を徒歩約10分進むルートは、季節の移ろいを感じられる散策路としても高く評価されています。
